صرّح جماعة من المؤرِّخين أنّ الإمام الباقر -عليه السَّلام- كان موجوداً يوم شهادة  جدّه  الإمام الحسين عليه السَّلام، في كربلاء وتشرفت بنزوله ارض كربلاء المقدسة مستدِلِّين على ذلك بما يلي : 
1- روي عن الامام الباقر-عليه السلام - قوله: (قُتل جدّي الحسين -عليه السلام- ولي أربع سنين، وإنّي لأذكر مقتله وما نالنا في ذلك الوقت).^{اليعقوبيّ: تاريخ اليعقوبيّ ج 2 ص320.}

2- وكان الامام الباقر -عليه السلام- يروي أحداث معركة كربلاء ويحدّث الناس بها، فكان يقول عن قتل جدّه الحسين عليه السلام: (لقد قتل بالسيف، والسنان، وبالحجارة، وبالخشب، وبالعصا، ولقد أوطأوه الخيل بعد ذلك). ^{المجلسيّ: بحار الأنوار ج 45 ص 91.}

ويقول - عليه السلام -: (أصيب الحسين بن عليّ -عليهما السلام -ووجد به ثلاثمائة وبضع وعشرون طعنة برمح أو ضمرة بسيف أو رمية بسهم)، فروي أنّها كانت كلّها في مقدّمه لأنّه -عليه السلام -كان لا يولّي.^{الصدوق: الأماليّ ص 228.}

وعندما التقى بعقبة بن بشير الأسديّ قال له أبو جعفر محمّد بن عليّ بن الحسين -عليهم السلام-: (إنّ لنا فيكم يا بني أسد دم"، قال: قلت: فما ذنبي أنا في ذلك رحمك الله يا أبا جعفر،وما ذلك؟ قال: "أُتي الحسين بصبيّ له فهو في حجره إذ رماه أحدكم يا بني أسد بسهم فذبحه، فتلقّى الحسين دمه فلمّا ملأ كفّيه صبّه في الأرض،ثمّ قال: ربّ إن تك حبست عنّا النصر من السماء فاجعل ذلك لما هو خير وانتقم لنا من هؤلاء الظالمين).^{الطبريّ: تاريخ الطبريّ, ج 3 ص 332.}

3- وكان يذكر دخوله الشام على يزيد الطاغية ،  ويقول: (دخلنا على يزيد، ونحن اثنا عشر غلاماً مغلّلين في الحديد وعلينا قمص..).^{ابن قتيبة الدينوريّ: الإمامة والسياسة ج 2 ص 12.}


4- بقيت أحداث كربلاء تتردّد في قلبه الزكيّ وعلى لسانه الشريف، فكان الشعراء يدخلون عليه لرثاء الحسين -عليه السلام - فيأذن لهم ويبكي لمصاب جدّه الحسين- عليه السلام-

فعن الكميت بن أبي المستهلّ قال: (دخلت على سيّدي أبي جعفر محمّد بن عليّ الباقر عليهما السلام فقلت: يا ابن رسول الله إنّي قد قلت فيكم أبياتاً أفتأذن لي في إنشادها. فقال: "إنّها أيّام البيض". قلت: فهو فيكم خاصّة. قال: "هات"، فأنشأت أقول:

                                أَضْحَكَنِي الدَّهْرُ وأَبْكَانِي     والدَّهْرُ ذُو صَرْفٍ وأَلْوانِ
                                لِتِسْعَةٍ بِالطَّفِّ قَدْ غُودِرُوا    صَارُوا جِمِيعاً رَهْنَ أَكْفانِ

فبكى -عليه السلام- وبكى أبو عبد الله وسمعت جارية تبكي من وراء الخباء، فلمّا بلغت إلى قولي:

                            وَسِتَّةٌ لا سَحارَى بِهِمُ     بَنُو عَقيلٍ خَيْرُ فِتْيانِ
                            ثُمَّ عَلِيُّ الخَيْرِ مَوْلاكُمُ     ذِكْرُهُمْ هَيَّجَ أَحْزَانِي

فبكى ثمّ قال عليه السلام: "ما من رجل ذكرنا أو ذكرنا عنده فخرج من عينيه ماء ولو قدر مثل جناح البعوضة إلّا بنى الله له بيتاً في الجنّة، وجعل ذلك حجاباً بينه وبين النّار"، فلمّا بلغت إلى قولي:

                        مَنْ كَانَ مَسْرُوراً بِمَا       مَسَّكُمْ أَوْ شَامِتاً يَوْماً مِنَ الآنِ
                          فَقَدْ ذُلِّلْتُمُ بَعْدَ عِزٍّ فَمَا        أَدْفَعُ ضَيْماً حِينَ يَغْشَانِي

أخذ بيدي وقال: "أللهم اغفر للكميت ما تقدّم من ذنبه وما تأخّر"، فلمّا بلغت إلى قولي:

                         مَتَى يَقُومُ الحَقُّ فِيكُمْ مَتَى    يَقُومُ مَهْدِيُّكُمُ الثَانِي؟

قال: "سريعاً إن شاء الله سريع"، ثمّ قال: "يا أبا المستهلّ، إنّ قائمنا هو التاسع من ولد الحسين..).^{الخزّاز القمّي: كفاية الأثر ص 248.}